Šialený profesor Thomas opäť vykonáva experimenty vo svojom tajnom laboratóriu. V dôsledku neúspešného pokusu o zmiešanie rôznych chemikálií došlo k výbuchu a do vzduchu sa objavili gule naplnené jedovatým plynom. Postupne zapĺňajú miestnosť. Vy v hre profesor Bubble Shooter budete musieť pomôcť vedcovi ich zbaviť. Na tento účel náš hrdina použije špeciálne delo, ktoré bude strieľať z jedného náboja. Budete musieť nájsť zhluk bublín rovnakej farby a cez ne uvoľniť náboj presne rovnakej farby. Takto ich zničíte a získate zaň body.