Mladý pilot Tom dostal rozkaz od svojho príkazu infiltrovať nepriateľskú vesmírnu stanicu. Aby na to mohol pristáť, bude musieť použiť svoju vesmírnu loď. Vy v hre X-Trench Run budete musieť pomôcť nášmu hrdinovi dokončiť tieto akcie. Na svojej lodi budete lietať pozdĺž vesmírnej základne. Na vašej ceste narazíte na rôzne prekážky a pasce. Ak na svojej vesmírnej lodi robíte manévre vo vesmíre, musíte sa vyhnúť kolízii s týmito prekážkami.
