V hre Flappy Run Online sa dostanete do sveta, kde žijú bytosti, ktoré sa môžu pohybovať vzduchom. Dnes sa spoločnosť týchto tvorov rozhodla ísť na cestu a preskúmať odľahlé kúty svojej krajiny. Aby ste ich udržali vo vzduchu, musíte kliknúť myšou na obrazovku. Potom pokrčia krídla a budú letieť dopredu. Na ceste ich pohybu sa stretnú stĺpy a iné prekážky. Musíte urobiť všetky postavy vyhnúť sa kolíziám s nimi. Ak sa to všetko stane, stratíte a znova začnete prechod z hry.
