V modernom Japonsku stále existuje v tajnom poriadku tajomného ninja bojovník. Niektoré z týchto vojakov ešte prijímame objednávky za zabitie zločincov, ktorí majú vysoké postavenie vo vláde. Dnes v Gun Ninja hre budeme hrať takú žoldnier. Dostal príkaz k vražde, a teraz sa potrebuje dostať do chráneného majetku. Obratne prechádzajúce jeho chodbách, skákanie cez medzery v podlahe a vyhnúť sa nástrahám, budeme pohybovať dopredu. Máme samozrejme vojaci zaútočí ochranu, ale my sme s použitím strelných zbraní bude zabiť všetky. Hlavná vec, nenechať sa dostať blízko k vám, pretože potom môžu robiť dôjsť k poškodeniu svoje meče a vaša postava bude zabitý. Ale môžete po ceste zbierať lekárničku, ktorá by robila svoju životnú úroveň.