Továreň na výrobu tajných materiálov sa zrazu zastavila. Stroje fungujú pomocou čipov a v Link Me To The Factory s nimi niečo nie je v poriadku. Všetky čipy by mali byť zapojené do súvislého obvodu, ale namiesto toho sú rozptýlené po povrchu a nevytvárajú obvod. Je potrebné ich vrátiť na svoje miesto a usporiadať ich tak, aby boli vyčnievajúce časti spojené so susednými. Čipy sa líšia farbou a majú svoje vlastné charakteristiky. Červené sa dajú otáčať, ale nedajú sa posúvať. Naopak, modré sa nedajú otáčať, ale v Link Me To The Factory sa dajú preusporiadať.
