Istý program v osobe veľmi reálneho tvora, navonok podobného človeku, chce opustiť digitálny matrix a dôvodom je, že v Matrix Escape bude zničený. Hrdina chce nájsť takzvané zadné dvierka a na to sa musí veľmi rýchlo pohybovať. Matrix je rozhodnutý, že sa pokúsi odrezať všetky cesty. Všetko, na čo sa môžete spoľahnúť, zmizne mihnutím oka, takže nemôžete otáľať ani na zlomok sekundy, ale neustále napredovať a preskakovať z jedného bloku na druhý. V Matrix Escape budete potrebovať obratnosť, obratnosť a rýchlu reakciu.