Ninjovia sa objavili v stredovekom Japonsku a slúžili ako špióni, skauti a prieskumní sabotéri. Nosili tmavé oblečenie, zakrývali si tváre a väčšinou operovali v noci, pohybovali sa ticho a plnili zadané úlohy. Všetci ninjovia ovládali umenie ninjutsu. Ninjovia sú v podstate typ bojovníka používaného v špeciálnych operáciách, ako sú japonské špeciálne jednotky. Hrdina hry Ninja Speed Runner je tiež poverený tajnou misiou, takže sa pohybuje rýchlo. Smerom k nemu lietajú Shurikeny, z ktorých sa musí vyhnúť a vy mu s tým pomôžete a prinútite hrdinu skákať alebo sa skláňať v Ninja Speed Runner.
