Ninja venuje každý deň niekoľko hodín tréningu, a to je potrebné, aby nestratil tvar a nestratil tvár v kritickom momente. Hrdina hry Jungle Runner je zručný a skúsený bojovník, no jeho výcvik ho už neuspokojuje, príde mu príliš ľahký, čiže sa nerozvíja. Preto sa hrdina rozhodol ísť do džungle a urobiť si kolmý beh medzi stromami. Hrdina sa bude rútiť nahor úžasnou rýchlosťou a vašou úlohou je zabezpečiť, aby sa s ničím a nikým nezrazil. Ukáže sa, že náš ninja nie je v džungli sám, navyše sa ho pokúsia zastaviť zmutované včely v Jungle Runnerovi.