V druhej časti hry Pandemic 2 budete pokračovať vo svojej misii zničiť celé ľudstvo ako smrteľnú pandémiu. Hra začína výberom typu choroby: vírus, baktéria alebo parazit. Potom si vyberiete počiatočný bod pre vašu infekciu. Odtiaľ budete musieť rozšíriť svoju chorobu do zvyšku sveta. Šírením po celom svete môžete zlepšiť svoju chorobu a urobiť ju tak, aby ňou ľudia netrpeli. Neustále upravujte svoj vírus, aby naň ľudstvo nemohlo prísť s liekom. Postupne teda v hre Pandemic 2 zničíte celú populáciu planéty
