Mario, nami všetkými milovaný inštalatér, sa začal zaujímať o taký pouličný šport, akým je parkour. Náš hrdina sa rozhodol trénovať v tomto športe na strechách mestských budov. Vy v Super Mario City Run sa k nemu pripojíte v tomto tréningu. Pred sebou na obrazovke uvidíte Maria stáť na streche domu. Pod vaším vedením bude bežať vpred a postupne naberať rýchlosť. Pozrite sa pozorne na obrazovku. Na ceste vášho hrdinu sa objavia zlyhania oddeľujúce strechy budov. Keď k jednému z nich pribehne v určitej vzdialenosti, budete ho musieť prinútiť skočiť. Váš hrdina teda preskočí toto nebezpečenstvo. Pred Mariom sa tiež objavia prekážky. Na niektorých bude môcť liezť v behu, pod inými, naopak, bude potrebovať vozenie na chrbte pod dnom. Na ceste musí Mario zbierať rôzne predmety, ktoré vám prinesú body a môžu hrdinovi poskytnúť rôzne druhy bonusov.
