Nejaký čas ninja kráľovstvo žilo pokojne a rozvíjalo sa, stavali sa nové mestá, zvyšoval sa počet obyvateľov a potom začali z periférií prichádzať alarmujúce signály. Ľudia si opäť začali všímať vplyv temných síl zo starých dungeonov. Štvorcový kráľ nindžov teda musí znova zostúpiť do katakomb a vyčistiť ich v hre Kingdom of Ninja 4. Vy a on sa ocitnete pri vchode do labyrintu a pomôžete mu prejsť levelmi jeden po druhom. Musíte prejsť od červenej vlajky k dverám, ale na to budete musieť použiť maximálnu obratnosť, pretože pred vami je veľa pascí. Pôjde o rotačné píly, ostré hroty, delá, ktoré strieľajú delové gule zo stien a mnohé iné. Treba medzi nimi šikovne manévrovať, preskakovať a posúvať sa smerom k cieľu. Monštrá prídu k vám, ale nesnažte sa ich zabiť, pretože váš hrdina nie je ozbrojený, je lepšie ich jednoducho obísť v hre Kingdom of Ninja 4 - nebudú vás prenasledovať. Zbierajte vzácne kryštály, zlaté mince a otvárajte truhlice s pokladmi. Akonáhle sa dostanete na posledný level a pozbierate všetky cennosti, ponechané príšery sa vyparia a už nebudú spôsobovať problémy obyvateľom kráľovstva.
