Vo svete Minecraftu žije bytosť menom Pixelmon. Náš hrdina sa nejako vybral do najodľahlejších oblastí krajiny, aby sa tu usadil a postavil malé mesto. V hre mu v tom budeš pomáhať Pixelmon Craft. Pred vami na obrazovke uvidíte svoju postavu, ktorá sa nachádza na určitom mieste. Na jeho bočnej strane bude viditeľná malá mapa s ikonami, ktoré označujú umiestnenie rôznych zdrojov. Váš hrdina bude musieť navštíviť všetky tieto miesta a získať tieto zdroje. Potom pomocou špeciálneho ovládacieho panelu začnete stavať rôzne budovy pre potreby nášho hrdinu. Môžete tiež vytvárať nové nástroje a zbrane.