Medzi vašou krajinou a susedným štátom vypukla vojna. V hre Atari Missile Command budete veliť obrane vojenskej základne, kde slúžite. Pred sebou na obrazovke uvidíte budovy svojej základne a všade nainštalované raketové zbrane. Nepriateľ vystrelil na vašu základňu množstvo rakiet, ktoré sa objavia na oblohe. Budete ich musieť všetky zostreliť a zabrániť im v páde na územie základne. Za týmto účelom pomocou myši nastavíte zameriavač pre svoje inštalácie pomocou modrých krížikov. Keď je to pripravené, otvorte oheň. Ak je váš zrak presný, potom budete zostreľovať nepriateľské rakety a získate za to body. Po nazhromaždení určitého počtu z nich pre nich upgradujete svoje inštalácie a strelivo.
