Nad kolóniou pozemšťanov, ktorá sa nachádza na jednej z planét, sa objavili zvláštne rôznofarebné bubliny. Ako sa ukázalo, sú naplnené jedom. Postupne zostupujú na kolóniu pozemšťanov. V hre Bubble Planet budete musieť všetky zničiť. Na to použijete špeciálne delo. Bude strieľať na jednotlivé náboje, ktoré majú tiež určitú farbu. Budete musieť starostlivo preskúmať všetky bubliny a nájsť miesto, kde sú určité objekty zoskupené. Mali by mať rovnakú farbu ako váš poplatok. Po tom vystrelíte výstrel. Jadro zasiahnuté do zhluku objektov ich exploduje a za to vám bude pridelený určitý počet bodov. Vašou úlohou je čo najskôr vyčistiť hracie pole od všetkých bubliniek.