V starovekom Japonsku sa na špionáž a inteligenciu používali špeciálne trénovaní ninja bojovníci. Dnes v Ninja Run Double Jump pomôžeme jednému z nich doručiť tajnú správu vedúcemu jeho rozkazu. Váš hrdina pobeží po ceste postupne získavajúc rýchlosť. Na ceste stretne rôzne užitočné predmety a zlaté mince, ktoré bude musieť zbierať. Narazíte aj na rôzne druhy pascí. Kliknutím na obrazovku sa vaša postava preskočí cez ne.