Po pristátí na jednej z planét si pozemšťania zorganizovali výskumnú základňu a začali stavať mesto pre prisťahovalcov, ktorí čoskoro prídu sem. Ako sa ukázalo, mimozemská rasa žila na susednej pevnine. Pri hľadaní základne pozemšťanov poslali armádu, aby ju zničili. Vy v hre Base Defense budete musieť riadiť obrannú základňu. Pomocou špeciálneho ovládacieho panelu zavoláte vojakov a pošlete ich do boja. Zodpovedne rozmiestnite svoje sily. Každý z vašich bojovníkov vlastní zbrane a má svoje vlastné bojové vlastnosti.