V starom Japonsku existoval vojenský poriadok, ktorý sa špecializoval na špionáž a vraždy rôznych ľudí. Oni boli nazývaní ninjas. Mnoho vojenských rád bolo v tajnej službe cisára Japonska. Dnes v hre Flight Of The Ninja pomôžeme jednému z nich pri výkone tajnej misie. Váš hrdina musí vstúpiť do stráženého hradu, ktorý stojí na horách. K tomu bude musieť vyliezť čisté steny, ktoré sú naplnené pascami. Váš hrdina pomocou špeciálnych háčikov bude šikovne vyliezť na stenu. Akonáhle sa dostane do pasce, kliknutím na obrazovku bude musieť skákať a skočiť na ďalšiu stenu.
