Kvety ninja sa vrátili z ďalšej úlohy a zistili, že ich učiteľ Splinter chýbal. Tím korytnačiek už prekonal niekoľko darebných plánov a neviditeľný nepriateľ sa rozhodol kruto pomstiť únosom ich sensei. Leonardo je majster katanských bojov, vedúci tímu Raphael šikovne zvládne Sayes, Donethello používa špeciálny personál a Michelangelo preferuje nunchuck.
