V starovekom Japonsku sa medzi dvoma kastami bojovníkov - samuraj a ninja - konštala vojna. Vy vo hre Ninja Runner bude bojovať na boku rádu Ninjas. Vaša postava dostala príkaz od vedúceho poriadku, aby vykonal prieskum v jednom lese, kde sa samurajské detaily môžu skrývať. Váš hrdina sa odvážne vrhol do lesa a bežal po ceste. Mnohé nebezpečenstvá a pasce ho čakajú na ceste. Ovládanie vašej postavy bude musieť skákať a nespadnúť do týchto pascí. Ak narazíte na nepriateľských vojakov, musíte ich všetko zničiť pomocou meča. Stačí zhromaždiť rôzne položky, ktoré padajú do jeho cesty.
