Odvážny kjótský ninja musí vstúpiť do chráneného hradu a ukradnúť odtiaľ jeden artefakt, ktorý kedysi ukradol ich chrám jeho objednávky. Ste v hre Jump Ninja Hero sa pripojí k jeho dobrodružstvám. Aby sme sa dostali na hrad, musí náš hrdina prechádzať určitou oblasťou, ktorá je strážená nepriateľskými vojakmi. Náš hrdina bude neustále strieľať z lukov, kukurice a iných zbraní. Jazdíte náš hrdina sa bude musieť vyhnúť všetkým lietajúcim predmetom v ňom. Iba tak môže prežiť a dostať sa do konca jeho cesty.
