Kyoto mladý bojovník spočíva v poradí ninjov, ktorí tajne slúžil cisárovi Japonska, a vykonával to veľmi zložité a tajné rozkazy. Ako sa náš hrdina bol pridelený úlohu preniknúť do domu jedného z cisárových poradcov ukradnúť dokumenty odtiaľ. Dom bol umiestnený na ostrove obklopenom zo všetkých strán vodou. Náš hrdina sa rozhodol použiť pre tento mys, ktorý je schopný ho udržať vo vzduchu. Sme s vami v hre Flappy Ninja mu pomôcť v tomto. Odskočí od zeme, naša ninja letel vzduchom. Čo by držať to stačí kliknúť na obrazovke počas letu. Na ceste do nášho hrdinu príde cez rôzne prekážky, ktoré potrebujú lietať okolo neho. V prípade, že bude čeliť im, svoj plášť a roztrhať to spadne dolu a umierať. Takže buďte opatrní a budete uspieť.