Špeciálny vlak, ktorý premáva z Antarktídy do džungle, môže prestať existovať a dôvodom je zhoršovanie stavu železničných tratí. Zvieratá, ktoré sa báli, že stratia jediný dopravný prostriedok, ktorý im umožňuje cestovať, sa obrátili na Diega so žiadosťou o pomoc v Go Diego Go! Diegova železničná záchrana. Chlapec je pripravený pomôcť a zapojiť vás do realizácie svojho plánu. Ide o opravu cesty, no najprv treba posadiť všetky zvieratká do vagónov. Cestujúci súhlasia s tým, že budú cestovať len v sprievode svojho druhu, takže pre tučniaky, jelene, medvede a pod. je k dispozícii samostatný vozeň. Po umiestnení všetkých zvieratiek sa vláčik vydá na cestu a pred každou zastávkou musíte poskladať cestu ako puzzle otáčaním jednotlivých častí v hre Go Diego Go! Diegova železničná záchrana.
