V druhej časti hry Ninja Dogs 2 budete pokračovať v pomoci skupine ninja psov v boji so strážcami z kráľovstva mačiek. Dnes musíte útočiť na ich hrady a zajať ich alebo zničiť. Pred sebou na obrazovke uvidíte určitú oblasť, v ktorej sa budú budovy nachádzať. Vnútri budov uvidíte mačky vojakov. V určitej vzdialenosti od budov bude nainštalované delo. S jeho pomocou budete svojimi vojnami strieľať svojich psov a tí, ktorí preletia na určitú vzdialenosť, narazia do steny budovy a zničia jej útočiace mačky. Aby ste to urobili, budete musieť vypočítať trajektórie vašich záberov. Po zničení všetkých mačiek získate body a prejdete na ďalšiu úroveň hry.