V ďalekej galaxii vypukla vojna medzi dvoma mimozemskými rasami. Vy v hre Clash Of Aliens sa pripojíte k jednej z nich a velíte armáde. Vaša flotila vstúpi do boja proti eskadre nepriateľských lodí. Na obrazovke uvidíte svoju hlavnú loď pred vami. Pod ním bude ovládací panel. S tým pošlete svojich pilotov do bitky na ich lodiach. Útočia na nepriateľa a zničia ich. Za to vám dajú body.
