Každý bojovník v poradí ninja musí mať určité bojové zručnosti, dobrú rýchlosť a agilitu. Preto denne trénujú výcvikom. Dnes v hre Nano Ninja prejdete aj jedným z týchto tréningov. Váš hrdina bude musieť bežať na určitej ceste od východiskového bodu až po cieľovú čiaru. Pri signále postupne zvyšuje rýchlosť. Na svojej ceste sa budú neustále stretávať s rôznymi prekážkami. Pomocou ovládacích tlačidiel budete musieť donútiť ho, aby sa okolo nich pohyboval alebo skočil rýchlosťou. Počas priradenia budete musieť zbierať aj rôzne položky.