Na New York sa zrútila reálnu hrozbu v podobe silného drviča. Ten sa bude snažiť, aby sa mesto počas niekoľkých minút, ale musíte ho zastaviť spolu s mutant Ninja korytnačky. Títo statoční ľudia sú pripravení na akékoľvek ťažkosti, aby zachrániť svoje rodné mesto z šialenstvo. Každá z postáv bude mať svoje vlastné poslanie a ciele, niekto musí pripraviť elixír zničiť mutantný niekoho zostreliť odpaľovacie, a niekto poraziť nepriateľa v boji na blízko. Všetky korytnačky budú iba tri pokusy, ak stratíte, mesto by spadnúť.