Spoločnosť vtipných tučniakov sa rozhodla usporiadať bežeckú súťaž, ktorá mala určiť, ktorý z nich je najšikovnejší a najrýchlejší. Vy v hre Penguin Run 3D sa budete môcť zúčastniť tejto súťaže. Pred vami na obrazovke bude vidieť cestu idúcu do diaľky. Vaša postava a ďalší tučniaci sa postavia na štartovaciu čiaru. Na signál zo slnka sa rozbehnú dopredu a postupne naberú rýchlosť. Pozrite sa pozorne na obrazovku. Keď budete šikovne spravovať svojho tučniaka, budete sa musieť postarať o to, aby obišiel rôzne prekážky, a čo je najdôležitejšie, predbehol svojich súperov. Pomôcť mu v tom môžu rôzne predmety rozhádzané po ceste. Ich zbieraním môže vaša postava získať rôzne druhy bonusových vylepšení.