Odvážny samuraj menom Jack je členom tajného rádu, ktorý chráni mier nášho sveta pred rôznymi príšerami z paralelných vesmírov. Jedného dňa sa niekoľkým príšerám podarilo prelomiť časové portály do nášho sveta. Teraz bude musieť náš hrdina cestovať s pomocou špeciálneho amuletu podľa týchto časov. Tam bude musieť nájsť príšery a zničiť ich. Vy v hre Samurai Jack: The Amulet Of Time pomôžete samurajom v týchto bitkách. Pred vami bude vaša postava viditeľná na obrazovke, ktorá sa bude nachádzať v určitej oblasti. Pred ním uvidíte monštrum. Pomocou ovládacích kláves budete musieť prinútiť svojho hrdinu, aby zaútočil na nepriateľa. Úderom meča zničíte nepriateľa a získate za to body.