Ako súčasť jednotky špeciálnych síl budete v Secret Oparation plniť tajné misie po celom svete. Na začiatku hry si budete musieť vybrať svoju postavu. Potom mu zoberte zbrane, výbušniny a muníciu. Akonáhle to urobíte, váš hrdina bude na určitom mieste. Pomocou ovládacích kláves budete usmerňovať jeho akcie. Budete sa musieť posunúť vpred pomocou radaru. Hneď ako zbadáte nepriateľa, zaútočte na neho. Presnou streľbou a použitím granátov zničíte nepriateľských vojakov a získate za to body. Po smrti nepriateľa nezabudnite pozbierať trofeje, ktoré z neho vypadli.